武漢大學新聞網(wǎng)近日訊生命科學學院周宇教授和朱玉賢院士課題組在錦葵科植物功能基因組學數(shù)據(jù)庫建設方面聯(lián)合取得的最新研究成果。該成果已經(jīng)發(fā)表在國際知名期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》，影響因子11.147）上，獲得了國內(nèi)外生物學研究人員的廣泛關注。

在植物基因研究中，所采用的培養(yǎng)器皿需要使用純水進行沖洗，水質(zhì)中多余的雜質(zhì)對實驗的影響非常大，一般都是采用純水機制取純水進行實驗。武漢大學各學院都擁有多臺滲源純水機，因為在武漢大學的研究院進行每一項課題研究都需要使用純水為日常和設備的用水，不論是清洗器皿還是進入一些精密儀器都需要優(yōu)質(zhì)的水質(zhì)，不然很容易影響實驗數(shù)據(jù)和設備的使用壽命。

而真正到實驗臺上，在進行日常的植物基因分析中，都需要使用超純水作為細胞培養(yǎng)液的基本組成物質(zhì)，而這類實驗中，水質(zhì)所含物質(zhì)中真菌以及病毒等微生物都需要嚴格控制，水中的礦物質(zhì)也需要根據(jù)實驗需求進行管控，所以基因?qū)嶒灮径夹枰褂?strong>超純水機，而滲源就是武漢大學設備的優(yōu)質(zhì)提供廠家。

實驗內(nèi)容詳細解析：

論文題為“MaGenDB: a functional genomics hub for Malvaceae plants（MaGenDB：錦葵科植物功能基因組學集成數(shù)據(jù)庫）”。生命科學學院博士研究生王得和、樊偉良和郭曉龍為論文共同第一作者，周宇教授、朱玉賢院士和王坤副研究員為論文的共同通訊作者。該工作得到了國家自然科學基金、科技部、武漢大學自主科研交叉學科等項目的資助。

錦葵科是植物界重要的一個分支類群，包括許多重要的經(jīng)濟作物，如種子和莖皮纖維來源的棉花和黃麻、制造可可粉和“巧克力糖”原料的可可、熱帶著名“水果之王”榴蓮、觀賞花卉植物木槿和優(yōu)良木材來源的椴樹等。隨著全球越來越多錦葵科植物基因組的陸續(xù)解析，及相關轉(zhuǎn)錄調(diào)控等高通量數(shù)據(jù)的積累，研究者迫切需要一個能夠整合基因組、表觀修飾組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組等多層次數(shù)據(jù)的比較工具，對植物特異科屬的特定生物學過程或基因家族的基因序列、結(jié)構(gòu)、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等進行比較分析。

為此，周宇、朱玉賢、王坤等專家合作共同構(gòu)建了首個錦葵科植物功能基因組學網(wǎng)站-MaGenDB (http://magen.whu.edu.cn)。截至目前，MaGenDB共收錄了錦葵科9個屬共13個物種的基因組以及相應的全基因組關聯(lián)分析位點（GWAS）和單核苷酸變異位點（SNP）信息；收錄并處理了包括RNA-seq和蛋白質(zhì)譜等在內(nèi)的9種共374套組學數(shù)據(jù)；預測鑒定出2485萬個不同類型的功能元件、2897萬個基因共線性關系以及1.7億個蛋白-蛋白相互作用對。該數(shù)據(jù)庫獨立設計并開發(fā)出多種可視化組件與基因組在線比較工具，并通過有效關聯(lián)將不同類型的數(shù)據(jù)有機整合到了一起，為用戶提供了友好的數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析服務。

該工作也是兩個研究團隊繼不久前剛剛在自然子刊Nature Communications（《自然•通訊》）合作發(fā)表有關亞洲棉的精細轉(zhuǎn)錄組圖譜工作之后，所取得的又一個重要研究成果。

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